" Adaptations des communautés microbiennes aux environnements sédimentaires "

Les biofilms sont omniprésents dans les environnements sédimentaires et sont des acteurs majeurs de la production primaire, du recyclage de la matière organique, de la respiration des écosystèmes et intervenant le cycle biogéochimique des métaux. Les substances exopolymériques (EPS), principales composantes des biofilms, jouent un rôle crucial dans l’établissement, le développement et la dispersion des communautés microbiennes. Constituées principalement de sucres, de protéines et d’acides nucléiques, les EPS sont produites par de nombreux microorganismes dont les bactéries, les archées et les diatomées. Au sein des biofilms, les EPS peuvent contribuer à la nutrition (dégradation de macromolécules), à la protection contre la dessication ou les contaminants, à l’attachement au substrat, à la communication entre les cellules ou encore à la virulence des pathogènes. Cependant, les EPS varient considérablement selon les espèces microbiennes, les écosystèmes et les conditions environnementales. De plus, une fois libérés par les cellules, cette matrice continue d’évoluer, d’interagir et peut être dégradée.

À l’interface entre la microbiologie, la sédimentologie et la chimie, mes travaux visent à caractériser et explorer le rôle des EPS dans différents environnements, avec plusieurs objectifs : (i) Étudier les relations entre les EPS, la communauté microbienne et la distribution des métaux et des minéraux dans les sédiments de deux estuaires aux climats contrastés : l’estuaire de la Gironde (Sud-Ouest de la France) et l’estuaire de la Guadiana (frontière du Portugal et de l’Espagne) ; (ii) comparer les EPS produits dans les sédiments estuariens de ceux retrouvés au sein d’autres matrices environnementales (sources calcaires ou ferriques) ; (iii) cultiver et isoler des diatomées benthiques, principales productrices d’EPS, afin d’extraire et de caractériser les EPS dans différentes conditions (salinité, substrat sédimentaire, concentration en métaux) ; (iv) analyser les interactions entre les EPS et certains métaux pour mieux comprendre leur rôle dans la précipitation ou la dissolution de ces derniers au cours de la diagenèse des sédiments estuariens.

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